Odpowiedzialność za realizację programu Erasmus+ ponosi Komisja Europejska, która na bieżąco zarządza budżetem oraz określa priorytety, cele i kryteria programu. Ponadto instytucja ta ukierunkowuje i monitoruje całościową realizację programu, działania stanowiące kontynuację projektów i ocenę programu na szczeblu europejskim. Do zadań Komisji należy również całościowe nadzorowanie i koordynowanie działalności struktur odpowiedzialnych za realizację programu na szczeblu krajowym.
Za realizację scentralizowanych akcji programu Erasmus+ na szczeblu europejskim odpowiada europejska komisyjna Agencja Wykonawcza ds. Edukacji, Kultury i Sektora Audiowizualnego. Zajmuje się ona zarządzaniem całym cyklem trwania takich projektów (od promowania i analizowania wniosków do rozpowszechniania rezultatów).
Nadzór nad programem Erasmus+ w Polsce sprawują wspólnie: Ministerstwo Edukacji Narodowej, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz Ministerstwo Sportu i Turystyki.
Komisja Europejska powierza wykonanie budżetu programu Erasmus+ narodowym agencjom. Zajmują się one promocją i realizacją programu na szczeblu krajowym i działają jako łącznik pomiędzy Komisją Europejską, a organizacjami uczestniczącymi na szczeblu krajowym, regionalnym lub lokalnym. Do zadań narodowych agencji należy:
Adresy wszystkich narodowych agencji dostępne są na stronie Komisji Europejskiej. W Polsce funkcję narodowej agencji programu Erasmus+ pełni Fundacja Rozwoju Systemu Edukacji.